يتم تعيين رئيس الجامعة بقرار من المؤتمر العام للجامعة بناء على ترشيح مجلس أمناء الجامعة, ويشترط أن يكون من مواطني إحدى الدول الأعضاء المؤسسة للجامعة, وهو مسئول علميا وإداريا وماليا عن شئون الجامعة كافة.

الدكتور خالد بن عبدالرحمن العوهلي رئيس الجامعة هاتف: 17239460، 17239801 فاكس: 17272555 P.O Box 26671 البريد الإلكتروني: layla@agu.edu.bh